Para la práctica del deporte la ciudad consta de dos polideportivos llamados Las Fuentezuelas y La Salobreja, junto con las instalaciones deportivas universitarias. También existen asociaciones de senderismo y escalada, como El Lagarto y Jabalcuz, así como la denominada Vía Verde del Aceite, que corresponde a un antigua trazado de línea férrea de principios del siglo XX que unía Jaén con Puente Genil (Córdoba) conocido como el tren del aceite.

En el apartado del fútbol, el Real Jaén Club de Fútbol, que milita en el grupo IV de la Segunda División B es el equipo más representativo de la ciudad y provincia. Su estadio, La Victoria, es de uso exclusivo del club, mientras que el resto de equipos y aficionados jiennenses cuentan con los campos de fútbol de césped artificial Instalaciones Deportivas Sebastián Barajas y UJA.

El fútbol sala siempre ha tenido gran tradición en la ciudad, que actualmente cuenta con dos equipos, Jaén Fútbol Sala y Club Deportivo Jaén, que militan en el grupo 8 de la Primera Nacional "A". Amnbos disputan sus partidos en en el pabellón del polideportivo La Salobreja.

Para el atletismo, la ciudad cuenta con las pistas de La Salobreja, sede del Club de Atletismo Caja de Jaén, que milita en la Primera División Andaluza. En el apartado de eventos, cabe destacar la Carrera Urbana Internacional Noche de San Antón, la Milla Internacional de Otoño Manuel Pancorbo, la Media Maratón Ciudad de Jaén: Memorial Paco Manzaneda y la Subida del Pantano del Quiebrajano.

En ajedrez es reseñable el Open Internacional de Ajedrez Ciudad de Jaén, que se celebra cada año desde 1989 bajo organización del Ayuntamiento de Jaén y del Club de Ajedrez Casino Primitivo.

Existe un equipo de rugby, el Jaén Rugby, que milita en Primera División Nacional, pero que al no contar con un lugar adecuado para la práctica de su deporte, tiene que trasladarse a la localidad de La Carolina para realizar sus encuentros en casa.

En cuanto a la natación, en la capital existen tres clubes dedicados a ella, el CN Jaén 99, el CN Santo Reino, y el CN Jaén, que además cuenta con un equipo en la Primera División Andaluza de waterpolo.